工作单位是医院。因为怀孕有流产迹象，已向单位人事出具医学诊断证明及相关报告，医院还是要求本人亲自回去请假。过了半个月医院通知说我旷工多天按自动离职处理。

您描述的情况具有特殊性。如果病历上有医嘱需要休息的，不算旷工。此其一。其二，假设在法庭上，如果能证实您当时身体确实不适合上班，公司也不能辞退你。

如果不考虑后续工作的影响，你可以到当地劳动站投诉，或者申请调解